Клуб був заснований в 1909 році під назвою «Влажерия», а свою нинішню назву отримав від імені національного героя Албанії Скандербега, він же Георг Кастріоті, який очолив антиосманське повстання в 15-му столітті. Його шолом красується на емблемі футбольного клубу «Шкендербеу».
Ставши вперше чемпіоном країни в 1933-му році «біло-червоні» змусили своїх вболівальників чекати цілих 78 років, щоб знову насолодитися завоюванням титулу найсильнішого клубу Албанії. Після цього «снігові вовки» (ще одне прізвисько футболістів команди) вже не втрачали свого домінуючого положення, ставши переможцями албанської Суперліги в сезонах 2011/12, 2012/13, 2013/14.
У минулому сезоні албанці були в одному кроці від групової стадії Ліги Європи, але каменем спотикання для них став одеський «Чорноморець». «Моряки» виграли свій домашній матч з рахунком 1:0. Через тиждень албанці поквиталися з українською командою з аналогічними цифрами на табло. Все вирішувалося в серії пенальті. Тут знову сильнішим виявився «Чорноморець», який виграв з рахунком 7:6 і пройшов далі.
Середній вік гравців нинішнього складу - 27,2 року, а серед провідних футболістів 30-річний хорватський захисник Марко Радаш (27 матчів у минулому чемпіонаті, один гол), бразильський правий захисник Адемір, нігерійський півзахисник Нуруддин Орелесі і 34-річний півзахисник і капітан команди Бледі Шкембі, який пограв свого часу за запорізький «Металург» і криворізький «Кривбас» і провів 14 матчів за збірну Албанії.
Керує колективом 51-річний місцевий фахівець Мірель Йоса, який очолив ФК «Шкендербеу» у 2012-му році.
«Біло-червоні» також, як і динамівці проводять свій передсезонний збір в Австрії і провели спаринг проти донецького «Шахтаря», крупно поступившись йому - 0:3.